이사·상속 때문에 ‘집 두 채’...특례신청하면 종부세 ‘1주택 혜택’

입력 2026-09-10 12:00

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국세청, 16~30일 특례 신청 접수…4만8000명에 안내문 발송
기본공제 9억→12억원…부부 공동명의는 신청 전 세 부담 비교해야

▲송파구 한 공인중개사사무소에 세금 관련 안내문이 게시돼 있다. (신태현 기자 holjjak@)
▲송파구 한 공인중개사사무소에 세금 관련 안내문이 게시돼 있다. (신태현 기자 holjjak@)

이사나 상속으로 집이 두 채가 됐어도 종합부동산세 공제 혜택은 1주택자처럼 받을 수 있다. 일정 요건을 갖춰 30일까지 특례를 신청하면 기본공제액이 9억원에서 12억원으로 늘고, 나이가 많거나 집을 오래 보유한 경우에는 세액공제로 세금이 더 줄어든다.

국세청은 16일부터 30일까지 올해 종부세 합산배제와 과세특례 신고·신청을 받는다고 10일 밝혔다. 적용이 예상되는 납세자 4만8000명에게 안내문을 발송했으며, 신고·신청 내용은 11월 정기고지에 반영한다.

1세대 1주택자 특례는 과세기준일인 6월 1일 현재 일시적 2주택자와 일반주택 1채 외에 요건을 갖춘 상속주택이나 지방 저가주택을 보유한 납세자 등이 대상이다. 일시적 2주택자는 새집을 취득한 날부터 3년 이내에 기존 주택을 팔아야 한다.

상속주택은 상속개시일부터 5년이 지나지 않았거나 상속지분이 40% 이하인 경우 등에 해당하면 특례를 적용받을 수 있다. 상속지분에 해당하는 공시가격이 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하인 경우도 대상이다.

특례를 적용받으면 기본공제 12억원과 함께 연령·보유 기간에 따라 합계 최대 80%의 세액공제를 받을 수 있다. 다만 특례 주택의 공시가격도 합산해 세금을 계산하며, 해당 주택분 세액에는 연령·보유기간에 따른 공제가 적용되지 않는다.

부부 공동명의 1주택자 특례는 올해 납세의무자 지정 방식이 달라졌다. 종전에는 지분율이 높은 배우자가 납세의무자가 되고 지분율이 같을 때만 선택할 수 있었지만, 올해부터는 지분율과 관계없이 부부가 합의해 정할 수 있다.

▲합산배제 신고 제도 (자료제공=국세청)
▲합산배제 신고 제도 (자료제공=국세청)

다만 공동명의 특례가 항상 유리한 것은 아니다. 신청하지 않으면 부부가 각각 9억원씩 공제받지만, 신청하면 공제금액이 12억원으로 바뀌는 대신 납세의무자의 연령과 보유 기간에 따른 세액공제를 받을 수 있다. 주택 공시가격과 공제율에 따라 세 부담이 달라지는 만큼 신청 전 홈택스 모의계산으로 비교할 필요가 있다.

일정 요건을 갖춘 임대주택과 사원용주택, 주택신축용 토지 등은 합산배제를 신고하면 종부세 과세대상에서 제외된다. 임대주택은 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록, 의무임대 기간, 임대료 증액 상한 5% 등의 요건을 충족해야 한다.

소형 신축주택과 지방 준공 후 미분양주택 등은 요건을 갖춰 특례를 신청하면 세율을 정할 때 주택 수에서 제외된다. 올해부터는 1월 1일 이후 취득한 인구감소지역·비수도권 인구감소관심지역 주택도 일정 요건을 충족하면 대상에 포함된다. 특례 주택을 제외한 나머지 주택이 2채 이하라면 3주택 이상자에게 적용되는 중과세율 대신 기본세율을 적용받을 수 있다.

기존에 신고·신청한 납세자는 변동사항이 없으면 다시 제출하지 않아도 된다. 다만 임대등록 말소나 임대료 증액 상한 초과 등으로 요건을 충족하지 못하게 됐다면 변동 내용을 신고해야 한다.

신고·신청은 홈택스나 서면으로 할 수 있다. 홈택스에서는 과세물건 정보를 자동으로 입력하는 미리채움 서비스와 임대주택 합산배제 자가진단, 세액 모의계산 등을 제공한다. 올해 종부세 납부 기간은 12월 1일부터 15일까지다.

국세청 관계자는 “합산배제와 과세특례를 적용받은 후 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 등을 추가 납부해야 한다”며 “성실하게 신고·신청해야 한다”고 말했다.

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