정기 세무조사, 기업이 날짜 고른다…국세청, 3개월 선택권 주고 10대 점검항목 공개

입력 2026-04-02 12:00

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결산·주총 등 경영 일정 피해 월 단위로 조사 시기 선택…4월부터 전면 시행
법인카드 사적 사용·개인계좌 매출 누락 등 반복 적발 항목 사전 안내

▲임광현 국세청장(앞줄 왼쪽에서 여섯 번째)이 2일 한국경제인협회 초청 간담회에서 참석자들과 기념 촬영을 하고 있다. (사진제공=국세청)
▲임광현 국세청장(앞줄 왼쪽에서 여섯 번째)이 2일 한국경제인협회 초청 간담회에서 참석자들과 기념 촬영을 하고 있다. (사진제공=국세청)

국세청이 정기 세무조사 방식을 바꾼다. 기업이 일방적으로 통보받던 조사 시기를 앞으로는 직접 고를 수 있게 하고, 조사 때 자주 문제 된 10대 검증항목도 미리 공개하기로 했다. 조사 강도를 낮추기보다는 예측 가능성을 높여 기업 부담을 줄이겠다는 취지다.

국세청이 정기 세무조사 방식을 바꾼다. 기업이 일방적으로 통보받던 조사 시기를 앞으로는 직접 고를 수 있게 하고, 조사 과정에서 반복적으로 문제가 된 10대 검증항목도 미리 공개하기로 했다. 조사 강도를 낮추기보다는 예측 가능성을 높여 기업 부담을 줄이겠다는 취지다.

임광현 국세청장은 2일 한국경제인협회 초청 간담회에 참석해 이런 내용의 세무조사 혁신방안을 발표했다.

임 청장은 “기업의 성장이 곧 경제성장이라는 국민주권정부의 친기업 기조에 발맞춰 납세자의 관점에서 세무조사를 합리적으로 재설계할 것”이라며 “특히 정기검진 성격의 정기 세무조사는 납세자가 조사 시기를 직접 선택할 수 있도록 하겠다”고 말했다.

핵심은 ‘정기 세무조사 시기선택제’다. 지금까지는 정기 세무조사 대상이 되면 국세청이 조사 시기를 정했고, 납세자는 천재지변 같은 예외적 사유가 아니면 이를 받아들여야 했다. 앞으로는 정기조사 대상자로 선정된 기업이 안내문을 받은 뒤 3개월 범위 내에서 월 단위로 1·2순위 희망 시기를 선택할 수 있다. 실제 조사 착수 20일 전에는 기존처럼 정식 사전 통지도 이뤄진다.

이에 따라 기업은 결산, 주주총회, 대규모 투자나 자금 조달 같은 경영상 중요한 시기를 피해 세무조사를 받을 수 있게 된다. 국세청은 탈루 혐의 검증은 그대로 유지하되, 조사 착수 시기만큼은 납세자 사정을 반영하겠다는 입장이다.

▲세무조사 중점 검증 항목 (자료제공=국세청)
▲세무조사 중점 검증 항목 (자료제공=국세청)

국세청은 이와 함께 세무조사 과정에서 반복적으로 과세가 이뤄진 10개 유형을 ‘중점검증항목’으로 선정해 공개했다.

법인 신용카드 사적 사용, 대표자 등 개인계좌를 통한 매출 신고 누락, 정당한 사유 없는 매출채권 임의 포기, 근로 사실이 없는 가공 인건비 계상, 연구·인력개발비 부당 세액공제 등이 대표적이다.

국세청은 유형별 유의사항과 실제 과세 사례, 질의응답을 홈페이지와 세무조사 가이드북 등을 통해 안내할 예정이다. 이를 통해 기업이 신고 단계에서 스스로 점검할 수 있고, 조사에 앞서 관련 자료도 미리 준비할 수 있어 부담이 줄어들 것으로 보고 있다.

이번 조치는 지난해부터 시행 중인 ‘현장 상주조사 최소화’의 연장선에 있다. 국세청은 기업 사무실에 장기간 머물던 기존 관행을 줄인 데 이어 올해는 조사 시기 선택권과 중점검증항목 사전 공개까지 도입하며 세무조사 운영 방식 전반을 손질하고 있다. 국세청은 개청 60주년인 올해를 ‘세무조사 대전환의 원년’으로 삼겠다고 밝혔다.

다만 국세청은 조사 방식이 바뀐다고 해서 검증 강도가 약해지는 것은 아니라고 선을 그었다.

임 청장은 “세무조사에서 주로 검증하는 항목 10개를 공개해 신고할 때부터 납세자가 스스로 점검할 수 있도록 지원하고, 세무조사를 받을 때도 관련 자료를 미리 준비할 수 있을 것”이라고 말했다.

류진 한국경제인협회 회장은 “기업에게는 예측 불가능성이 가장 큰 리스크인데, 조사 시기와 절차를 예측할 수 없으면 부담이 훨씬 가중된다”며 “이번 혁신방안이 기업하기 좋은 환경을 만드는 데 이바지할 것으로 기대한다”고 말했다.

다만 국세청은 조사 방식이 바뀐다고 해서 검증 강도가 약해지는 것은 아니라고 선을 그었다.

임 청장은 “세무조사에서 주로 검증하는 항목 10개를 공개해 신고할 때부터 납세자가 스스로 점검할 수 있도록 지원하고, 세무조사를 받을 때도 관련 자료를 미리 준비할 수 있을 것”이라고 말했다.

류진 한국경제인협회 회장은 “기업에게는 예측 불가능성이 가장 큰 리스크인데, 조사 시기와 절차를 예측할 수 없으면 부담이 훨씬 가중된다”며 “이번 혁신방안이 기업하기 좋은 환경을 만드는 데 이바지할 것으로 기대한다”고 말했다.

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