ISA는 고치고 부동산은 유지…세제개편 ‘선별 수정’ 윤곽

ISA 납입한도 이월·가입기간 제한 원점으로…생산적 금융 ISA 차등 혜택 유지
종부세 기본 틀 국회로…비거주 예외·‘주가 누르기’ 방지책은 일부 보완

▲이억원 금융위원장이 13일 서울 종로구 정부서울청사에서 열린 ‘전월세 및 매매시장 안정을 위한 주택 신속공급 방안 및 부동산 시장 안정을 위한 금융 종합대책’ 브리핑에서 발언하고 있다. 신태현 기자 holjjak@ (이투데이DB)

정부가 ‘2026년 세제개편안’을 둘러싼 논란이 이어지자 개인종합자산관리계좌(ISA)를 중심으로 일부 제도를 수정하는 ‘선별 보완’에 나선다. ISA의 연간 납입한도 이월 폐지와 계약기간 제한은 사실상 원점으로 돌리는 방안이 유력한 반면 생산적 금융 ISA의 차등 혜택과 부동산 세제의 기본 골격은 유지할 가능성이 크다. 이재명 대통령의 재검토 지시 이후 정부가 세제개편안 전반을 다시 짜기보다 논란이 집중된 부분을 손질하는 방향으로 가닥을 잡는 모습이다.

17일 관계 당국에 따르면 정부는 입법예고 과정에서 제기된 의견을 토대로 세제개편안의 주요 쟁점별 수정 필요 사항을 검토하고 있다. 정부는 20일까지 의견을 수렴한 뒤 수정안을 차관회의와 국무회의에서 논의하고 다음 달 초 국회에 제출할 계획이다.

수정 가능성이 가장 큰 분야는 ISA다. 정부는 이번 세제개편안에서 생산적 금융 ISA를 신설하면서 연간 납입한도 이월을 폐지하고 납입기간을 최대 10년으로 제한했다. 기존 ISA에도 납입한도 이월을 허용하지 않고 납입기간을 5년으로 제한하는 방안을 제시했다.

그러나 수입이 일정하지 않은 자영업자나 프리랜서에게 불리하고 장기투자와 복리 효과를 떨어뜨릴 수 있다는 지적이 제기됐다. 이에 정부는 기존처럼 사용하지 않은 납입한도를 다음 해로 이월할 수 있도록 하고 계약기간도 사실상 무기한 연장이 가능하도록 수정하는 방향을 긍정적으로 검토하고 있다. 변경된 기준은 기존 ISA와 생산적 금융 ISA에 동일하게 적용될 것으로 보인다.

다만 생산적 금융 ISA를 통해 국내 자본시장으로 자금을 유도한다는 정책 방향은 유지한다. 정부안에 따르면 일반 ISA의 총 납입한도는 1억원, 생산적 금융 ISA는 2억원이며 생산적 금융 ISA의 투자수익에 더 큰 비과세 혜택을 준다. 생산적 금융 ISA 투자 대상에 해외주식형 상장지수펀드(ETF)를 포함해달라는 요구도 받아들이지 않을 가능성이 크다.

부동산 세제는 ISA와 달리 정부안의 큰 틀을 유지할 것으로 전망된다. 종합부동산세 공제 방식과 세율 등 기본 골격은 그대로 국회에 제출하고 세부 쟁점은 국회 논의 과정에서 조정하는 방안이 거론된다.

정부안은 종부세율 인상 효과가 반영되도록 세 부담 상한을 현행 150%에서 200%로 높이도록 했다. 그러나 더불어민주당에서도 수도권 지역구 의원들을 중심으로 세 부담 급증을 막기 위해 상한을 현행 150%로 유지해야 한다는 의견이 나오는 것으로 전해졌다. 향후 국회 논의 과정에서 종부세 부담 완화 여부가 쟁점이 될 전망이다.

비거주 1주택자에 대한 예외 요건은 시행령을 통해 일부 확대될 가능성이 있다. 정부안은 취학이나 직장 변경, 질병, 전학, 해외 체류, 부모 봉양 등 불가피한 사유로 거주지를 옮기면 최장 3년까지 비거주 기간을 거주기간으로 인정하도록 했다. 재개발·재건축 공사 기간도 거주기간으로 인정한다.

입법예고 과정에서는 손주 돌봄이나 학군지 전세 거주 등을 위해 집을 비우는 사례도 예외로 인정해야 한다는 의견이 나오고 있다. 정부는 국회 의결 없이 시행령으로 정할 수 있는 만큼 구체적인 예외 사유를 추가하는 방안을 검토하고 있다.

기업의 상속·증여세 부담을 둘러싸고 논란이 된 이른바 ‘주가 누르기’ 방지책도 일부 보완될 전망이다. 정부는 세법상 주식 평가기간을 늘리거나 상속세 부담이 상속재산을 넘지 않도록 상한을 두는 방안 등을 검토하고 있는 것으로 알려졌다.

정부는 입법예고가 끝날 때까지 시장과 정치권의 의견을 추가로 수렴한다는 방침이다. 재정경제부 관계자는 “다양한 목소리를 최대한 폭넓게 경청하고 이를 토대로 제도 개편의 취지를 충실히 살릴 수 있도록 심사숙고해 합리적인 보완방안을 검토할 예정”이라고 밝혔다.