면세 농산물 109만원 사면 부가세 9만원 공제…영세 음식점 혜택 2년 더

연매출 4억원 이하 개인사업자 9/109 유지…2028년 말까지
농업법인 세제감면 상시화…면세유 2029년까지

▲농림축산식품부 (이투데이DB)

면세 농산물을 원재료로 사용하는 연매출 4억원 이하 개인 음식점이 매입액의 9/109를 부가가치세에서 공제받는 혜택이 2028년까지 유지될 전망이다. 면세 농산물을 109만원어치 매입했다면 9만원을 매입세액으로 인정받는 방식이다. 올해 말 종료될 예정이던 우대 공제율이 2년 연장되면서 식재료비와 인건비, 공공요금 상승에 시달리는 영세 음식점의 세 부담을 덜어줄 것으로 보인다.

9일 농림축산식품부에 따르면 재정경제부가 발표한 ‘2026년 세제개편안’에는 음식점업 부가가치세 의제매입세액공제 우대 공제율의 적용기한을 2028년 12월 31일까지 연장하는 내용이 담겼다.

의제매입세액공제는 부가가치세가 붙지 않는 농산물 등을 원재료로 구입해 부가가치세가 과세되는 음식이나 제품을 판매할 경우 일정 금액을 매입세액으로 간주해 납부할 부가가치세에서 빼주는 제도다.

부가가치세 과세기간별 과세표준 2억원(연매출 4억원) 이하인 개인 음식점에는 일반 공제율 8/108보다 높은 9/109가 적용된다. 이번 연장이 이뤄지지 않았다면 내년부터 공제율이 8/108로 낮아질 예정이었다. 연매출 4억원을 초과하는 개인 음식점은 8/108, 법인 등 나머지 사업자는 6/106을 적용받는다.

농식품부 관계자는 "원재료 가격과 인건비, 공공요금 상승이 이어지는 상황에서 우대 공제율 연장이 영세 자영업자의 경영 부담을 낮추고 외식물가 안정에도 도움이 될 것으로 기대한다"고 말했다.

농업법인의 법인세와 출자자·조합원의 배당소득에 대한 소득세 감면은 한시 제도에서 상시 과세특례로 전환된다. 올해 말 종료 예정이던 해당 감면에 더는 일몰기한을 두지 않는 것이다. 식량작물 재배업에서 발생한 소득은 전액, 식량작물 이외 작물 재배업 소득은 일정 한도 안에서 감면된다.

농업인이 농지 등을 농업법인에 현물 출자할 때 양도소득세 납부를 미뤄주는 이월과세도 상시화된다. 농업인이 내야 할 양도소득세를 농업법인이 해당 현물을 처분할 때 법인세로 납부하도록 해 고령농의 농지를 임차하거나 출자받는 공동영농법인의 규모화를 뒷받침한다는 취지다.

농업용 면세유 특례는 상시화 대신 적용기한을 2029년 12월 31일까지 3년 연장한다. 농업용 석유류에 붙는 부가가치세와 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세, 자동차세를 면제하는 제도다.

농식품부 관계자는 "최근 미-이란 전쟁 등 중동 정세 불안으로 국제유가 변동성이 확대돼 농업인의 경영비 부담이 높아졌는데 이번 조치가 농업인에게는 든든한 버팀목이 될 것"이라고 말했다.

세제개편안은 입법예고와 국회 심의를 거쳐 확정된다. 정부안 단계인 만큼 국회 논의 과정에서 내용이 바뀔 가능성은 남아 있다. 정부는 9월 중 국회에 관련 세법 개정안을 제출할 예정이다.