농수산물 식자제 세액공제 차등 완화…매출 4억 이하 50%

기재부, 세법개정안 30%에서 수정…매출 4억원 초과땐 40%

정부가 영세자영업자가 농수산물 식자재를 구입할 때 매입 부가세를 환급해주는 ‘의제매입 세액공제’축소 방침을 수정하기로 했다. 연매출 4억원 이하인 경우엔 매출액의 50%, 4억원 초과는 매출액의 40%로 매출 규모에 따라 공제율을 차등 완화한다는 것이 골자다.

당초 정부는 지난 8월 세법개정안을 통해 매출액의 30%에 해당하는 농수산물 매입액에 대해서만 공제해주기로 했지만 세부담이 가중된 영세음식업점들의 반발에 석달여만에 방침을 바꾼 것이다.

기획재정부는 12일 개인사업자의 경우 매출 규모에 따라 의제매입공제한도를 차등 설정키로 하는 내용의 부가가치세법 시행령 개정안을 마련, 입법예고와 차관회의·국무회의를 거쳐 내년 1월1일부터 시행할 예정이라고 밝혔다.

기재부에 따르면 개인사업자의 경우 연매출 4억원 이하인 경우는 50%, 연매출 4억원 초과는 매출액의 40%에 해당하는 농수산물 매입액을 한도로 공제를 허용키로 했다. 또 연매출 4800만원 미만의 간이과세자는 공제 대상에서 아예 제외되며 법인사업자는 당초 정부안대로 매출액의 30%에 해당하는 매입액만 공제받을 수 있도록 했다.

농수산물 의제매입세액공제란 음식점이 부가가치세가 면세되는 농·축·수·임산물을 구입할 경우 매입세액이 있는 것으로 간주해 구입비의 일정액을 공제해주는 제도다. 그동안 음식점 업주들은 부가가치세 면세물품인 농축수산물 원재료 구입비용이 매출액의 40~50%를 차지한다고 신고해 세액공제를 받아왔다. 일반적으로 공제율은 개인 음식점은 8/108, 법인 음식점은 6/106, 제조업(중소기업 및 개인)과 유흥주점은 4/104의 공제율이 적용된다.

정부는 지난 8월 8일 세법개정안 발표시 그동안 별도의 한도가 존재하지 않던 농수산물 의제매입세액공제한도를 매출액의 30%로 설정하는 방안을 발표했다. 하지만 30% 공제율이 음식업종 영세업자에게 과도하고 획일적으로 적용되면서 세 부담을 증가시킨다는 지적이 잇따라 제기돼자 정부는 대안 마련에 고심해왔다.

기재부 측은 “영세 음식점의 어려운 경영여건 등을 감안해 관련업계와 협의 후 보완방안을 마련하게 됐다”며 “관련업계도 향후 농수산물 의제매입세액공제제도의 정상화에 적극 협조키로 했다”고 설명했다.