정부, 비거주 1주택 종부세 공제 12억 유지키로…세부담 상한도 150% 유지

▲정부세종청사 내 재정경제부 청사 현판. (연합뉴스)

정부가 세제개편을 통해 비거주 1주택자 종합부동산세 기본공제를 9억원으로 낮추려던 방안을 철회해 현행 12억원을 유지하고, 종부세 세부담 상한도 200%로 올리지 않고 현 150%를 유지하기로 했다.

재정경제부는 지난달 2026년 세제개편안 발표 후 11개 세법 개정법률안에 대해 부처협의 및 입법예고와 차관회의 등을 거쳐 1일 국무회의에서 이러한 내용의 정부안을 최종 확정했다고 밝혔다.

수정 폭이 가장 큰 분야는 종부세다. 정부는 당초 1세대 1주택자의 종부세 기본공제를 실거주 여부에 따라 차등하기로 했다.

현재 1세대 1주택의 종부세 기본공제 12억원을 실거주자에 대해서는 14억원(시가 20억원)으로 올리고, 비거주자는 9억원(시가 13억원)으로 낮추는 방안이다.

최종안에서는 실거주 1주택자 기본공제는 예정대로 12억원에서 14억원으로 확대하지만 비거주 1주택자는 현 12억원을 유지하기로 했다. 이사·전세 등이 잦은 국내 부동산 실정을 고려할 때 1세대 1주택자에 대한 기본공제 축소는 과도한 증세라는 지적을 반영한 것으로 풀이된다.

종부세 세부담 상한도 현행 유지한다. 정부는 당초 주택·토지분 종부세 세부담 상한을 직전 연도 재산세·종부세 합계액 150%에서 200%로 높이겠다고 발표했는데 최종안에서는 기존 150%를 유지하기로 했다. 종부세 상향에 따른 충격 완화를 위한 판단으로 보인다.

개인종합자산관리계좌(ISA) 개편안도 수정했다. 정부는 일반 ISA의 최초 계약기간을 3년으로 하고 계약기간을 최대 5년으로 제한할 계획이었다. 연간 2000만원인 납입한도 중 미사용 금액을 다음 연도로 넘기는 것도 금지하고 2029년 말 일몰기한을 신설하기로 했지만 최종안에서는 이러한 내용을 모두 철회했다.

최종안에서는 현재처럼 최소 계약기간 3년만 두고 최대 계약기간은 제한을 두지 않기로 했다. 연간 납입한도 2000만원 중 미사용 금액도 이월할 수 있고 일몰기한도 일반 ISA처럼 없다.

또한 개편안에서는 청년형ISA와 청년미래적금을 중복 가입하지 못하게 했지만 최종안에서는 중복 가입을 가능하게 했다.

지방이전·특구 입주 기업의 세제지원 환류 의무도 조정한다. 감면세액의 30%를 지역에 재투자하도록 하되 지방 이전이나 특구 입주 이전이라도 사업장 신설 또는 사업용 유형자산 투자를 시작한 과세연도부터 환류기간에 포함하기로 했다. 추진 중인 도시철도 건설사업에 대해서는 부가가치세 영세율 경과조치 적용 범위를 확대했다.

한편 이날 의결된 세제개편안 중 주가누르기에 해당하는 상장주식에 대한 평가방법 개선에 대해서는 당정 논의 등 의견 수렴을 거쳐 정기국회 심사과정에서 합리적 개선 방안을 마련한다는 계획이다.