재계 “R&D 세제지원, 대기업 불리한 구조”…직접환급제 필요성 제기

직접환급제 없는 국가는 韓·日
대·중소기업 공제율 23%p 차이
주요국 대비 공제율 최하 수준

▲대한상공회의소 '2024년 기준 OECD 33개국 세제 인센티브 제도 현황' (사진제공-대한상공회의소)

연구개발(R&D) 투자에 대한 세제지원 제도에서 대기업과 중소기업 간의 격차가 OECD(경제협력개발기구) 회원국 중 가장 큰 수준인 것으로 나타났다. 또한 OECD 33개국 중 R&D 세액공제 미수령분을 현금으로 돌려받을 수 있는 ‘직접환급제’를 운영하지 않는 국가는 한국과 일본뿐이었다.

대한상공회의소는 23일 OECD INNOTAX 포털에 등재된 33개국의 R&D 세제지원 제도를 비교·분석한 결과를 발표했다. 분석 결과, R&D 세액공제율을 대기업과 중소기업 간 차등 운영하는 국가는 한국을 포함해 6개국뿐이었으며, 미국·영국·프랑스 등 27개국은 공제율에 차등이 없었다.

직접환급제도는 33개국 중 22개국이 운영 중이었다. 기업이 해당 연도에 세액공제를 모두 받지 못했을 경우, 미공제분을 현금으로 돌려주는 방식이다. 반면 우리나라와 일본 등 11개국은 환급제도가 없었다. 결국 대·중소기업 간 차등을 두면서 환급제도도 없는 국가는 한국과 일본 두 곳뿐이었다.

R&D 세제 인센티브 방식은 △법인세 세액공제가 14개국으로 가장 많았고 △손금산입이 6개국 △사회보장비용 공제가 3개국이었다. 이외에도 여러 방식을 혼용하는 국가는 10개국이었다.

한국의 경우 대기업과 중소기업 간 공제율 격차가 OECD 내 가장 컸다. 현행 조세특례제한법에 따른 일반 R&D 세액공제율은 대기업 2%, 중소기업 25%로 23%포인트(p) 차이가 난다. 신성장·원천기술 및 국가전략기술 분야에서도 10%포인트, 설비투자 공제율도 9~10%포인트 차이를 보였다.

▲대한상공회의소 '대・중소기업간 공제율 차등 6개국 제도 비교' (사진제공-대한상공회의소)

일본과 호주 등 일부 국가는 기업의 R&D 투자 상황에 따라 격차를 완화하고 있었다. 일본은 R&D 지출 증가율 등에 따라 대기업 1~14%, 중소기업 12~17%의 공제율을 적용하며, 일부 구간에서는 대기업이 더 높은 공제율을 받는다. 호주는 대기업이 전체 비용의 2%를 초과해 R&D에 투자할 경우 공제율을 8.5%에서 16.5%로 높여 인센티브를 제공하고 있다.

대·중소기업 간 차등이 없는 27개국 중 영국·프랑스 등 6개국은 기본적으로 차등은 없지만 예외적으로 추가 지원을 운영했다. 프랑스는 설립 8년 이내 기업의 연구개발 인력 사회보장기금 납부를 면제하고, 영국은 적자 중소기업 중 R&D 비용이 전체의 30%를 넘는 경우 손금산입을 허용했다.

기업 규모 구분을 제외하더라도 우리나라의 대기업 일반 R&D 세액공제율은 주요국 중 최하위 수준이었다. 같은 형태의 법인세 세액공제를 운영하는 18개국과 비교할 때, 한국의 공제율 2%는 가장 낮았다. 다음으로 낮은 이탈리아·헝가리도 10% 수준이었고, 포르투갈은 32.5%로 가장 높았다.

우리나라도 신성장·원천기술이나 국가전략기술에 대해선 높은 공제율을 적용하지만, 적용 범위가 제한적이다. 2024년 기준 해당 항목으로 공제를 받은 대기업은 전체 R&D 세액공제 대기업의 7.6%에 그쳤다.

▲대한상공회의소 'OECD 18개국의 일반 공제제도 세액공제율 비교' (사진제공-대한상공회의소)

직접환급제도를 운영하는 22개국 중 17개국은 모든 기업에 환급을 허용하고 있었으며, 미국·호주·캐나다·폴란드·콜롬비아는 중소기업 또는 스타트업에 한해 적용했다. 환급 방식은 국가별로 달라, 프랑스는 3년간 이월 후 잔액을 환급하고, 스페인은 미공제액의 80%까지 환급하는 구조였다. 반면 한국·일본·핀란드·멕시코 등 11개국은 환급제도가 없고, 한국은 대신 10년간 이월을 허용하고 있다.

대한상의는 “기업이 성장할수록 인센티브가 줄어드는 계단식 구조가 기업 성장의 장애물이 되고 있다”며 “대·중소기업 간 차등적 지원을 폐지할 필요가 있다”고 밝혔다.

또한 “R&D 투자가 수익으로 이어지기까지 시차가 존재하는 만큼, 직접환급제를 도입하면 기업의 불확실성을 줄이고 투자 확대를 유도할 수 있다”고 강조했다.

이와 함께 대한상의는 영국·프랑스·덴마크 등에서 시행 중인 가속상각제도, 일본의 오픈이노베이션 공제제도 등 해외 사례도 참고할 필요가 있다고 제언했다. 가속상각제도는 설비와 건물의 감가상각비를 조기 인식해 기업이 투자 초기에 법인세 부담을 줄이고 유동성을 확보할 수 있도록 하는 방식이다. 일본은 연구기관·스타트업·중소기업 등과 공동 연구개발을 추진할 경우 더 높은 공제율을 부여해 산학연 협력과 기술혁신을 촉진하고 있다.