감사원 "국세청, 6700건 양도세 검증대상에서 누락"

국세청이 프로그램 오류 등으로 양도소득세 신고 검증대상으로 분류해야 할 대법원 부동산 등기자료 6688건에 대해 검증을 하지 않은 것으로 나타났다.

감사원은 지난해 11~12월 국세청을 대상으로 양도소득 과세실태를 점검한 결과 이 같은 내용을 비롯해 총 25건의 감사결과를 시행했다고 8일 밝혔다.

감사원에 따르면 국세청은 대법원의 부동산 등기자료를 양도소득세 과세대상인 '개인양도등기'와 다른 세목 과세대상인 '기타등기'로 분류한 뒤 개인양도등기 자료를 바탕으로 양도세 무신고자를 추출하고 있다.

이 과정에서 국세청이 지난 2015년 전산 프로그램 오류 등으로 개인 양도사항을 기타등기로 잘못 분류하는 바람에 양도세 신고검증대상에서 누락된 사례가 총 6688건에 달하는 것으로 조사됐다.

특히, 이 가운데 3000여건은 실제로 양도세를 신고하지 않아 세금을 납부하지 않았다.

실제로 평택세무서 등 42개 세무서의 경우 농민이 8년 이상 자경하거나 4년 이상 자경 후 대토(代土·경작 중인 농지를 팔고 새 농지를 취득하는 것)하는 경우 해당 농지에 대한 양도세를 감면해주는 과정에서 자경기간을 잘못 산정해 45억9000만원의 양도세를 부과하지 않았다.

뿐만 아니다. 서울지방국세청의 경우 기업에 대한 증여세를 제대로 부과하지 않은 사례도 있었다.

감사원에 따르면 세무당국은 A기업의 최대주주가 처남에게 비상장주식 92만주를 증여하는 과정에서 주당 가격을 2만2000원으로 산정하고, 증여세 146억7900여만원을 부과했다.

이에 대해 감사원은 "주식가격 변동 추이를 조사한 결과 주당 가격은 5만원으로 산정하는 게 적절하다"며 "주식가액이 257억6천만원 과소평가되고, 결과적으로 증여세 41억6천여만원을 징수하지 못했다"고 지적했다.