국세청, 연구·인력개발비 세액공제 사전심사制 도입…납세자 만족↑

▲[국세청 제공]

국세청은 올해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 본격 시행한다고 13일 밝혔다.

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전 또는 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도를 말한다.

국세청에 따르면 연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면 세액공제 해당 여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나다.

이로 인해 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인될 경우에는 수년간 공제받은 금액 뿐만 아니라 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 적지 않았다.

일례로 A 모 기업은 공동연구개발 비용 중 일반적인 관리·지원 용역과 관련된 비용을 제대로 알지 못한 채 세액 공제를 받았지만, 이후 과세관청으로부터 수 억원에 달하는 세금을 고지받았다.

하지만 앞으로는 (납세자가 신청하는 경우) 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주기 때문에 납세자는 세무상 불확실성을 해소함과 동시에 연구·인력개발 활동에만 전념할 수 있을 것으로 전망된다.

관련 제도를 신청하는 방법은 간단하다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청 가능하다.

심사대상은 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다. 심사내용은 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지 여부와 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 검토하게 된다.

국세청 관계자는 “신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분된 경우 과소신고가산세가 면제된다”고 말했다.

이 관계자는 이어 “다만, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다”며 “국세청은 신청한 기업들이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 적극적으로 지원할 예정”이라고 강조했다.