[세무, 톡!] R&D 세액공제, 판단기준은 ‘실질’이다

김경희 회계법인 세종 세무사

연구·인력개발비 세액공제는 기업의 기술혁신과 인재 양성을 촉진해 산업 경쟁력을 강화하기 위한 대표적 조세지원 제도다. 조세특례제한법 제10조는 신성장·원천기술과 국가전략기술뿐 아니라 일반적인 연구·인력개발 활동도 일정 요건을 충족하면 공제를 허용함으로써, 연구개발(R&D) 활동 전반을 폭넓게 지원하고 있다.

하지만 실제 실무에서는 모든 ‘개발 활동’이 공제 대상이 되는 것은 아니다. 조특법 제2조 제1항 제11호는 ‘연구개발’을 과학적·기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스 전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동으로 정의하며, 이는 단순한 기술 보완이나 사용자 맞춤형 개선과는 명확히 구분된다.

서울행정법원은 “기존 기술을 일부 보완하거나 소비자 만족도를 높이는 정도의 활동은 연구개발에 해당하지 않는다”고 판시하며(2018구합82267), “기존 기술과 획기적으로 차별화된 새로운 기술 또는 서비스 개발이어야 한다”고 보았다.

최근 대법원은 소프트웨어 및 시스템 개발의 세액공제 해당 여부에 대해 중요한 판단을 내렸다. 2024.12.12. 선고 2021두48359 판결에서, 대법원은 한국거래소가 수탁업체에 위탁하여 매매체결 시스템을 전면 재설계하고 알고리즘을 독자적으로 개발한 사안을 연구개발로 인정하였다. 단순한 기능 개선을 넘어 구조적 혁신이 있었고, 다수의 특허 등록 등 구체적 성과가 확인되었기 때문이다. 또한 외주계약이라 하더라도 개발 실패의 리스크를 위탁자가 실질적으로 부담했다면 단순한 결과물 구입으로 볼 수 없다고 보았다.

이 판결은 소프트웨어·정보기술(IT) 기반 기업에 중요한 시사점을 제공한다. 기존 기능 보완이 아닌 구조적 재설계가 수반된 경우 세액공제가 가능하다는 기준이 명확해졌기 때문이다.

세액공제는 혜택이 큰 제도인 만큼, 요건을 충족하지 못할 경우 추징 리스크도 크다. 특히 중소기업은 공제율이 높아 제도를 적극 활용하지만, 형식뿐 아니라 실질 요건 충족 여부를 면밀히 검토해야 한다. 공제 적용 여부가 불분명할 경우에는 관련 계약 구조, 개발 내용, 연구 목적 및 성과물에 대한 객관적 증빙을 체계적으로 준비하고, 전문기관의 사전 검토, 국세청의 사전심사 제도, 또는 유권해석 절차를 통해 사전 확인을 받는 것이 바람직하다. 김경희 회계법인 세종 세무사